Я нашел удовлетворенное решение:
Я заполняю все свои отчеты отдельно, но экспортирую их по JRPdfExporter:
List jasList = new ArrayList();
jasList.add(jp_1);
jasList.add(jp_2);
jasList.add(jp_3);
JRPdfExporter exporter = new JRPdfExporter();
exporter.setParameter(JRExporterParameter.JASPER_PRINT_LIST, jasList);
exporter.setParameter(JRExporterParameter.OUTPUT_FILE_NAME, "batch.pdf");
exporter.setParameter(JRPdfExporterParameter.IS_CREATING_BATCH_MODE_BOOKMARKS, Boolean.TRUE);
exporter.exportReport();
Они будут упорядочены в порядке списка и будут созданы закладки