Версия .NET для приложения зависит от основного исполняемого файла. Если вы используете DTEXEC для запуска служб SSIS, вы получаете .NET 3.5, потому что DTEXEC.Exe настроен для использования .NET 3.5.
Но если вы создаете свое собственное приложение (простое консольное приложение с функциональностью, аналогичной DTEXEC) с .NET 4.0 - вы получаете .NET 4.0.
Наконец, есть, конечно, взломать, чтобы изменить DTEXEC на использование .NET 4.0 - он контролируется DTEXEC.Exe.Config, который вы можете редактировать, но, скорее всего, это не поддерживается Microsoft, и поэтому я рекомендую против .