В конце концов я нашел решение этой проблемы, посмотрев некоторые (довольно беспорядочно) файлы ddf rdflib.Для (соединительной) диаграммы, хранящей тройки, вызовите
mygraph.bind(prefix, URIRef(url))
т.е.
mygraph.bind('ex', URIRef('http://www.my-example.intra/ontologies/ci.owl#'))
Передача 'False' в качестве третьего аргумента переопределяет существующие привязки префиксов пространства имен.