Нет, это нельзя отключить.
Что вы можете сделать, чтобы обойти это немного, хотя это следующее
- Начните сеанс отладки
- Расположите окна по своему вкусу
- Остановите сеанс отладки
- Закройте Visual Studio
После этого момента, когда вы начинаете сеанс отладки, он будет возвращаться к расположению окна, которое вы имели на шаге # 2.