Предполагая, что @TransactionTypeID всегда будет возвращать значение:
SELECT @v_FilePrefix = COALESCE(@v_FilePrefix, TransactionTypePrefix)
FROM [ConfigTransactionType]
WHERE TransactionTypeID = @TransactionTypeID
COALESCE вернет первое ненулевое значение. Если @v_FilePrefix не равно нулю, он просто установит для себя значение.
Но было бы лучше использовать:
IF @v_FilePrefix IS NULL
BEGIN
SELECT @v_FilePrefix = TransactionTypePrefix
FROM [ConfigTransactionType]
WHERE TransactionTypeID = @TransactionTypeID
END