Если вы добавляете XML в проект ClickOnce для развертывания, обратите внимание, что C / O будет считать, что это данные, и развернуть его в ApplicationDeployment.CurrentDeployment.DataDirectory. Если вы посмотрите в ApplicationFiles, вы можете изменить его с «Включить (данные)» на «Включить» (обязательно), и он будет помещен в то же место, что и исполняемый файл. Оттуда вы можете скопировать его туда, куда хотите, при условии, что у вас есть права на запись в эту папку.
Вот статья, которая тоже может помочь.
http://robindotnet.wordpress.com/2009/08/19/where-do-i-put-my-data-to-keep-it-safe-from-clickonce-updates/