При открытии нового окна функция возвращает «дескриптор» этому окну.
Затем вы можете манипулировать новым окном с помощью JavaScript (если оно указывает на URL в том же домене).
var newWindow = window.open ("", "mywindow", "location=1,status=1,scrollbars=1,width=100,height=100");
newWindow.document.write("Hello world");
newWindow.document
дает вам доступ к DOM нового окна.