Конечно, вы можете использовать его с Apache, единственным недостатком является то, что вам нужно настроить свою среду, чтобы заставить ZF работать, а также чтобы прояснить ситуацию Zend Server является сервером приложений, а не веб-сервером, о котором вы можете думать в качестве стека LAMP, но вы также можете выбрать IIS, если у вас на Windows.