Вот как вы могли бы сделать это в C #:
Registry.SetValue(@"HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run",
"MyStartUp",
@"C:\StartUpApp.exe");
Вам необходимо добавить запись в реестр. Вышеуказанный работает при запуске. Есть еще несколько. Я рекомендую вам загрузить инструмент типа Autoruns , чтобы увидеть все возможные местоположения.