Поскольку Flash запускается внутри элемента управления ActiveX в браузерах IE, он не следует правилам стека, поскольку элементы управления ActiveX всегда отображаются на обычном HTML-содержимом (за исключением выпадающего списка, что раздражает).
Существует обходной путь, чтобы заставить Flash подчиняться, установить wmode = "transparent" в теге вашего объекта и, возможно, также встроенный тег.