Разрывы строк интерпретируются по-разному в Unix / Linux и в Windows.
SVN diff игнорирует разрывы строк и, следовательно, не видит изменений, но ваша IDE, вероятно, использует стандартную интерпретацию ОС. Вы должны иметь возможность изменить его в свойствах проекта или в настройках Eclipse (я не совсем уверен, где, поскольку я в настоящее время не использую Eclipse)