NGen поможет только время запуска - он не заставляет код выполняться быстрее, чем после JITting. Действительно, я считаю, что есть некоторые оптимизации, которые NGen не делает , но делает JIT.
Итак, главный вопрос: есть ли у вас проблемы со временем запуска? Я не знаю, сколько времени запуска приложения ASP.NET будет JITting по сравнению с другими затратами, кстати ... вам, вероятно, следует взглянуть на графики Performance Manager для JIT, чтобы сказать, сколько времени это действительно стоит .
(С точки зрения доступности, наличие нескольких серверов, позволяющих выполнять повторные перезапуски, даст вам гораздо больше преимуществ, чем один сервер с веб-приложением NGENed.)