Только для записи. Это пример вашего графика:
Где кратчайший путь от А до М отмечен синим цветом.
Это очень короткая программа в Mathematica:
a = StringSplit["NJKUUGHBNNJHYAPOYJHNRMNIKAIILFGJSNAICZQRNM", ""]
b = Table[a[[i]] -> a[[i + 1]], {i, Length@a - 1}]
vertexNumber[g_, vName_] := Position[ Vertices[g, All], vName][[1, 1]];
Needs["Combinatorica`"]
c = ToCombinatoricaGraph[b]
sp = ShortestPath[c, vertexNumber[c, "A"], vertexNumber[c, "M"]]
vlsp = GetVertexLabels[c, sp]
vlspt = Table[{vlsp[[i]], vlsp[[i + 1]]}, {i, Length@vlsp - 1}]
GraphPlot[b, VertexLabeling -> True, ImageSize -> 250,
DirectedEdges -> True, Method -> {"SpringEmbedding"},
EdgeRenderingFunction ->
(If[Cases[vlspt, {First[#2], Last[#2]}] == {},
{Red, Arrowheads[Medium], Arrow[#1, .1]},
{Blue, Arrowheads[Medium], Arrow[#1, .1]}] &)]