Нет, это невозможно напрямую. Что вы можете сделать, это создать отдельные репозитории для каждого каталога, а затем объединить их как подмодули в другом репозитории.
Я бы посоветовал хранить репозиторий только для одного проекта. Если эти три каталога предназначены для одного и того же проекта, вы можете рассмотреть возможность использования для них лучшей структуры каталогов.