По моему опыту кажется, что Django нужно немного усилий, чтобы начать работать правильно, и использование его в AppEngine немного отличается от того, как вы использовали бы его в противном случае. Предлагаю рассмотреть возможность использования другого фреймворка.
Лично я предлагаю Tipfy , так как он был создан специально для App Engine, но есть довольно много фреймворков, о которых я даже не пробовал, но слышал о них много.
IIRC проблема с отравлениями в Джанго из-за превышения срока была решена.