При создании DLL вы можете получать уведомления о новых / выходящих потоках в функции DllMain (DLL_THREAD_ATTACH / DLL_THREAD_DETACH).
Есть ли способ получить эти или эквивалентные уведомления из Windows в (неуправляемом) исполняемом файле?
Да - включите небольшую заглушку DLL в ваш процесс, который просто контролирует DLL_THREAD_ATTACH и DLL_THREAD_DETACH так, как вы хотите.