Просто предположите, что вы используете Python ...
Независимо от языка, принцип один и тот же:
Вам необходимо динамически создать соответствующее количество заполнителей.
>>> import sqlite3
>>> conn = sqlite3.connect(':memory:')
>>> c = conn.cursor()
>>> c.execute('create table test (id int)')
<sqlite3.Cursor object at 0x011A96A0>
>>> c.executemany('insert into test values (?)', [(1,),(2,),(4,)])
<sqlite3.Cursor object at 0x011A96A0>
>>> ids = (1,2,4)
>>> query = 'select * from test where id in (%s)' % ','.join('?'*len(ids))
>>> query
'select * from test where id in (?,?,?)'
>>> c.execute(query, ids).fetchall()
[(1,), (2,), (4,)]