Нет, это не сломает ваших клиентов, если вы ориентируетесь на ту же версию фреймворка, в которой вы работали с VS 2008.
Установщик prereq, обычно называемый загрузчиком, полностью отделен от ClickOnce. Он «загружает» вместе prereq установки, чтобы сделать опыт приятнее для конечных пользователей. Вот и все. Он не делает ничего особенного, кроме загрузки и запуска всех ваших предварительных установок, а затем запускает приложение ClickOnce после его завершения.
Теперь, если вы обновили свое приложение до 4.0 Framework, и ваше приложение запускает клиент без каркаса, у вас возникнут некоторые проблемы. Это проблема, отличная от вашей предварительной версии C ++.