На данный момент я не знаю, как это сделать. Но самое простое, что я могу придумать, - это экспортировать существующий проект и сохранить папку с шаблонами, которые можно быстро импортировать, переименовывать и продолжать.
Похоже, в прошлом было несколько неудачных попыток сделать это - см. Sourceforge.net/projects/protewiz/ - но не похоже, что этот проект обновлялся более года.
И, похоже, у CDT есть некоторые возможности шаблона проекта (см. Help.eclipse.org/help33/index.jsp?topic=/org.eclipse.cdt.doc.isv/guide/projectTemplateEngine/Howtodeveloptemplates.html и справку. eclipse.org/help33/index.jsp?topic=/org.eclipse.cdt.doc.isv/guide/projectTemplateEngine/Howtoregistertemplates.html).
Надеюсь, это немного поможет.