Я должен сделать то же самое. Я думаю, что лучшее, на что мы можем надеяться, это взломать jar-файл NUnit, который поставляется с TeamCity, и написать пользовательскую задачу, которая объединяет NUnit2 и NCover. Хотелось бы, чтобы это было не так, но задача NUnit2 не дает видимых результатов, поэтому TeamCity явно не читает StdOut для результатов теста.