Я не уверен, что понимаю, куда вы отправляетесь со своим вопросом, но я дам ему шанс.
MVC - это архитектурный шаблон, который по своей сути означает сохранение модели данных, контроллераи пользовательский интерфейс слабо связан насколько это возможно.
Вы пытаетесь свести его к технологическому уровню, и это на самом деле не имеет никакого смысла.Вы можете сделать правильный MVC с хорошей основой.Просто чтобы прояснить ситуацию, простой ванильный PHP не дает хорошей поддержки MVC.Хороший фреймворк, такой как CakePHP или CodeIgniter, будет.
JS - это просто хороший способ обогатить опыт работы на стороне клиента.Это означает, что, если вы не выполняете JS на стороне сервера, единственное место, где у вас будет JS, - это само представление.По сути, запросы AJAX не имеют ничего общего с MVC.Так же как и постоянство данных.Если вы не реализуете свой собственный контроллер (и у вас лучше есть чертовски веская причина сделать это самостоятельно), вам не стоит беспокоиться о его внутренней логике.используйте правильные рамки, и все встанет на свои места.