Файл CTL может показаться, что вы пытаетесь использовать SQL Loader для загрузки данных. SQL Loader, тем не менее, является специфичным для Oracle инструментом. Он поддерживает только загрузку данных в Oracle, но не имеет функции для загрузки данных в MySQL. Поэтому я сомневаюсь, что сгенерированный Toad контрольный файл будет полезен.
Однако, если у вас есть контрольный файл, это будет означать, что у вас есть плоский файл данных для загрузки (то есть разделенный запятыми или табуляцией плоский файл данных для каждой таблицы в базе данных). Это тот случай? Если так, то почти в каждой базе данных есть утилиты для импорта плоских файлов. Я не эксперт по MySQL, но я предполагаю, что MySQL имеет такую утилиту. Конечно, вы также можете относительно легко написать небольшое приложение для загрузки на любом языке, который вам знаком.