В проекте установки Visual Studio вы управляете путем установки по умолчанию, устанавливая свойство DefaultLocation папки «Папка приложения» в редакторе файловой системы.
Это, в свою очередь, как вы обнаружили, по умолчанию [ProgramFilesFolder][Manufacturer]\\[ProductName]
. Вы можете либо полностью заменить это свойство, либо изменить эти свойства.
Ex: D:\\[Manufacturer]\\[ProductName]