Я почти уверен, что если это файл Unicode, вы должны установить двоичный код (не текстовый, что обычно по умолчанию).
редактировать
Если вы сообщите нам, какую программу вы используете (в Ubuntu) для выполнения ftp, кто-то здесь сможет рассказать вам, как проверить эту возможность.
Также возможно, что в программе есть ошибка (я видел, как это происходило с популярным читателем Usenet: только время от времени она зависала, в зависимости от точного размера сегмента).