Можно ли вообще использовать Pygments внутри wxPython для подсветки синтаксиса?
Positive. Хотя pygments изначально нацелен на вывод CSS, вы можете определить средство форматирования pygments, например, для определения стилей для wx.StyledTextCtrl. Я сделал это совсем недавно:
http://relet.net/frog/archives/170