Да, приложения .NET (в основном) не зависят от платформы. Но это не значит, что они выглядят одинаково, независимо от того, на какой ОС они работают. Если они это сделают, они будут выглядеть неправильно в большинстве случаев. Если вы сделаете ваше приложение похожим на приложение Vista, то пользователь, использующий XP, подумает, что оно выглядит странно, потому что оно не похоже ни на одно из своих других приложений.
Окна сообщений имеют белый фон в Vista, и я думаю, что и в Windows 7. В XP и более ранних версиях фон окна вашего сообщения будет SystemColors.Control, который обычно имеет вид серого (но может быть настроен пользователем).
Если вам нужен белый фон независимо от того, в какой ОС вы работаете (т.е. если вы действительно хотите, чтобы ваше приложение выглядело неуместно в XP), ничто не помешает вам написать свою собственную форму.