Если вы ищете файл в VS, вполне вероятно, что файл все еще существует в вашем каталоге, но на него больше нет ссылок в проекте (поскольку VS покажет вам только файлы в вашем проекте). Если файл был переименован, вероятно, вы больше не сможете его найти в Visual Studio. Я бы на самом деле проверил каталог, где существовал файл.
Если его там нет, вы можете получить старый файл из репозитория, щелкнув по содержащему его каталогу и вернувшись к предыдущей ревизии, содержащей файл (удаление файла - это операции над каталогом).
Ваша локальная копия файла не должна быть удалена, если есть изменения. Такие вещи раздражают, но, надеюсь, не так часто (как часто вы переименовываете файлы?). Конечно, это именно то, почему вы должны обновить перед фиксацией. В этом случае вам нужно вручную объединить изменения, внесенные в старый файл, в новый файл и убедиться, что он все еще компилируется.