Хорошо, я решил это.
Дело в том, что конфликт возник не из-за идентификаторов поля ввода, а из-за поля проверки. Так что теперь это работает так:
<%= Html.EditorFor(m => m.Content)%>
<%= Html.ValidationMessageFor(
m => m.Content,
null,
new { id = Model.ValidationMessageId, name = Model.ValidationMessageId })%>
где ValidationMessageId - строковое свойство модели, доступное только для чтения, которое возвращает уникальный идентификатор html для поля проверки.