Нет, подключаемые модули WebKit и NPAPI нельзя напрямую использовать для IE.
Однако вы можете написать плагин-оболочку для IE, в котором размещается плагин NPAPI в IE. В качестве альтернативы проект FireBreath уже решает вашу проблему: он позволяет вам писать кросс-платформенные / кросс-браузерные плагины из одной базы кода.