Да, вы можете.
CC .net написан на .Net, но может обрабатывать любой проект.Язык проекта не имеет значения, вы все равно можете использовать сценарии Batch, Powershell, Nant или MsBuild.Вы также можете использовать Cruise Control или Hudson, как вам нравится.
Что касается поставщика управления исходным кодом, я бы предпочел svn (или даже git), но это скорее вопрос привычек: с моей точки зрения VSSслишком привязан к VS, и мне не нравится блокировка при проверке по умолчанию.