Если вы видите поведение, которое вы хотите при отладке с помощью avr studio-gcc, то это дает вам некоторую уверенность в том, что ваша программа «хороша» (в некотором смысле слова «хорошо»).Похоже, вам нужно сосредоточиться на другой области: в чем разница между вашей средой отладки и вашей автономной загрузкой?
Когда вы выполняете автономную загрузку, знаете ли вы, что ваша программаработает вообще?
Светодиоды мигают или вообще включаются?Вы не говорите прямо в своем вопросе, но этот вопрос может быть очень актуален для процесса отладки.Похоже ли это на правильное поведение, работающее с другой скоростью?Если это так, то ваша программа, вероятно, не выполняет какую-либо инициализацию, которую выполнял отладчик.
При выполнении автономной загрузки программа компилируется с другими настройками по сравнению с версией отладки?Возможно, настройки оптимизации компилятора меняют временные характеристики вашей программы.
(Ваш вопрос был бы лучше, если бы вы дали более подробную информацию о том, что делает автономная загрузка. В общем, кому-то сложно отладить удаленныйсистема, когда им дается мало или нет подробностей о том, что происходит. Все / некоторые светодиоды вообще включаются?)