По умолчанию Eclipse не должен переформатировать ваш код, если вы не сделали этого с помощью команды Format.
Однако, если вы работаете с кодами других людей и хотите отформатировать их по своему вкусу, можно использовать Eclipse для форматирования.
Вы можете настроить, как это работает, найдя раздел Code Style
под языком, который вы используете в меню Preferences
.