Похоже, что с выпуском iOS 4.2 Apple захочет, чтобы 4.2 стал королем. По крайней мере с Xcode 3.2.5 GM, единственный включенный SDK - 4.2.
Вы можете установить две версии XCode - при выборе того, какие дополнительные элементы вы хотите удалить, снимите флажок со всего и измените местоположение, в которое XCode устанавливает (по умолчанию / Developer). Мне удалось заставить 3.2.5 (можно скомпилировать против 4.2) и 3.2.4 (все остальное) работать и работать на одной машине. Это позволит вам иметь как 4.2, так и 4.1 SDK на одной машине.
Удачи!