Используйте mk-table-sync из инструментария Maatkit для MySQL.
Из документации:
Make slave1 have the same data as its replication master:
mk-table-sync --execute --sync-to-master slave1
Помимо возможности автоматически синхронизировать таблицы, у него есть аргумент --dry-run, который просто выведет операторы SQL, необходимые для этого вручную. Это прекрасно для того, чтобы убедить себя в том, что вы выбрали правильные аргументы командной строки для mk-table-sync и что он будет работать правильно, когда вы действительно синхронизируете таблицы.