Это один из вопросов, но я тоже этим занимаюсь. Я думаю, что проще всего было бы добавить свойство "сохраненная версия". Если это действительно простой дизайн, то вы можете просто переписать только код DAL, чтобы все работало на веб-сервис. На самом деле, если WSDL сделан правильно, вам, возможно, потребуется внести очень незначительные корректировки (особенно, если БД была ранее разработана с использованием EF).
Вы говорите, что хотите синхронизировать два набора данных одновременно, но я думаю, что вопрос в том, почему? А какие два? У вас есть две веб-службы или вы хотите одновременно синхронизировать данные как с локальным кэшем, так и с онлайн-службой (MSSQL db?)?