Как правило, есть средства для выполнения некоторых действий до и после прохождения тестового класса / метода тестирования в junit 4 (см. Информацию об аннотациях @BeforeClass и @BeforeMethod, например, здесь: http://junit.sourceforge.net/javadoc/org/junit/BeforeClass.html)
Но поведение запуска / остановки приложения выглядит ближе к функциональному тестированию, а не модульному тестированию. Вероятно, было бы лучше не запускать и останавливать все приложение, а выполнить некоторую переинициализацию приложения.
Кроме того, существует совершенная среда тестирования функциональности TestNG (http://testng.org),), которая также предоставляет средства, подобные аннотациям beforeclass / beforemethod.