JSTL совместим с хорошо написанным не-JSTL кодом. Возможно, вам придется немного смешивать и сопоставлять, если у вас есть переменные в странных местах, но у вас не должно возникнуть проблем с наличием JSTL JSP и не-JSTL JSP в одном приложении. (Под странными местами я подразумеваю не область запроса / сервлета / приложения или переменные, доступ к которым осуществляется с помощью методов, которые не имеют правильных имен получателей.)
Конечно, если вы начнете использовать JSTL, было бы неплохо в конечном итоге преобразовать все ради согласованности.