Чтобы установить флажок с помощью jQuery 1.6 или выше, просто сделайте это:
checkbox.prop('checked', true);
Чтобы снять отметку, используйте:
checkbox.prop('checked', false);
Вот что мне нравится использовать для переключения флажка с помощью jQuery:
checkbox.prop('checked', !checkbox.prop('checked'));
Если вы используете jQuery 1.5 или ниже:
checkbox.attr('checked', true);
Чтобы снять отметку, используйте:
checkbox.attr('checked', false);