Это зависит от того, какие настройки утилизации вы установили в пуле приложений.Предполагая, что вы установили переработку в определенное время [или какое-либо другое условие в этом отношении!] ... в это время будет создан новый рабочий процесс, и у существующего рабочего процесса будет 90 секунд, чтобы сделать то, что он должен был сделать,После этих 90 секунд все, что присутствует в процессе, исчезнет.
Вы сказали, что это происходит через заданные интервалы.Вы установили время перезарядки в IIS?