Вы можете попробовать это, заменив последние 3 строки на
RewriteCond $1 !^(index\.php|robots\.txt)
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L,QSA]
или, возможно, просто удалив последнюю строку вашего .htaccess.
Также вам может потребоваться изменить/config/config.php в
$config['index_page'] = “”