При использовании libxml2 в python:
with open(pathToSaveResult, 'w') as fd:
xmlParsed.saveTo(fd,format = libxml2.XML_SAVE_FORMAT)
Редактировать: похоже, что в libxml2 есть какая-то ошибка ... красивая печать выполняется с помощью тега libxml2.XML_SAVE_NO_EMPTY вместо libxml2.XML_SAVE_FORMAT