Если вы выбираете C ++, взгляните на rcpp и Rinside
Java можно комбинировать с R, используя JRI
RServe предоставляет вам протокол TCP / IP для взаимодействия с R. Есть клиент Java и клиент C ++, поэтому можно использовать любой из них.
Об замечании: еще одна вещь, о которой вы должны знать, это то, что R содержит довольно много библиотек, написанных на фортране и C, которые можно вызывать напрямую. То же самое касается более продвинутых пакетов, таких как VGAM, они также содержат довольно много подпрограмм на Си. В зависимости от того, что именно вы хотите сделать, вы можете попытаться поработать с ними, просто чтобы избежать накладных расходов на сами функции R.
Я сам искал их обзор, но, AFAIK, вам придется приложить некоторые усилия, чтобы получить все. Некоторые вещи, на которые вам непременно стоит обратить внимание, это определение языка R и R Internals .