Вы захотите взглянуть на класс System.WebServer / Caching, где вы можете применить профиль кэширования к определенным расширениям. По крайней мере, это позволит вам контролировать его для всех файлов Javascript, заканчивающихся на .js.
<system.webServer>
...
<caching>
<add extension=".js" policy="DontCache" kernelCachePolicy="DontCache" />
</caching>
</system.webServer>
Это должно отключить кэширование .js как для процессов, так и для кэширования ядра из облака.
Я думаю вы можете создать этот файл web.config в папке, содержащей только ваш файл, и он отключит кэширование для .js только на этом уровне папок. Я, честно говоря, сам не пробовал, так что просто предложение, которое вы можете проверить.
Кроме того, взгляните на документацию по IIS, связанную с конфигурацией кэширования:
/ Кэширование: http://www.iis.net/ConfigReference/system.webServer/caching
/ Кэширование / Профили: http://www.iis.net/ConfigReference/system.webServer/caching/profiles
/ Кэширование / Профили / Добавить: http://www.iis.net/ConfigReference/system.webServer/caching/profiles/add
Надеюсь, что плюс некоторые исследования по этим тегам конфигурации помогут.
Если нет, я бы порекомендовал рассмотреть реализацию пользовательского модуля HTTP, который можно вставить в канал запросов IIS, который может отфильтровать ваш элемент управления кэшированием до этого конкретного файла
** для этого стоит просто поведение IIS, и оно не будет отличаться в Azure или вне его, поэтому вы можете легко протестировать этот локальный ресурс, не беспокоясь о тестовой структуре Dev или Azure.