Попробуйте сначала подключить 2 USB-сканера штрих-кода и проверьте, происходит ли то, чего вы боитесь. Я подозреваю, что все цифры штрих-кода отправляются в одном пакете, в то время как прерывания от других клавиатуроподобных устройств находятся в режиме удержания - поэтому вы не получите два «чересстрочных» кода вместе.
Невозможно иметь более одного стандартного ввода, не буквально. Другие параметры будут зависеть от используемой ОС - в Linux, возможно, драйверы предоставляют разные символьные устройства для разных сканеров. В Windows, я полагаю, вам нужно научиться говорить по протоколу USB HID ... лучше всего, если вам не нужно ничего этого делать.