Ну, я нашел способ, который мне очень нравится. Исправьте метод прерывания XMLHttpRequest, чтобы он уменьшал счетчик jjuery ajax и запускал обработчик, если это последний запрос. Пока не уверен, насколько хорошо он будет работать в разных браузерах.
var old_abort = XMLHttpRequest.prototype.abort;
XMLHttpRequest.prototype.abort = function(){
jQuery.proxy(old_abort, this)();
if ( jQuery.active-- === 1 )
jQuery.event.trigger( "ajaxStop" );
};