Можете ли вы сделать EmployeeID атрибутом? Тогда вы можете объявить, что он имеет тип ID ...
В противном случае, нет, я не думаю, что есть какой-либо способ с DTD требовать, чтобы его значение было непустой строкой.
Рассматривали ли вы RelaxNG? Это мощный, гибкий и не сложный в освоении.