Вы можете получить PID процесса Java с помощью API управления Java, по крайней мере, при использовании Sun JVM. Посмотрите на фактические реализации объектов управления, один возвращает pid (пока не знаю, какой именно).
Тогда я бы использовал jnative для вызова функции linux, так что вам не нужно полагаться на установку ionice.