С тем, как вы его подставили, вы, скорее всего, «спрятались». Но есть обходной путь, который может работать на вас. Это было бы потянуть как можно больше логики в библиотеки. Это не полностью запутывает поток, но сохраняет ваш код скрытым от клиента.
Вы можете взять это дальше, если хотите. Используя собственное расширение, например .mspx (Microsoft сделала это), вы можете полностью инкапсулировать код. Я полагаю, что вы могли бы добавить какой-то тип шага сборки, который бы использовал ваше скомпилированное приложение и использовал магию пользовательского расширения. Затем вы разрешаете ASPX обрабатываться «как обычно». Вам, конечно, придется рассказать эту идею.
Возможно, с помощью config можно заставить работать свернутую страницу, но я не использовал этот способ. Будет стоить эксперимента с POC.