Да. Если конкретный код должен содержать &,> или <(это не так), вам придется заключить JavaScript в <code><script type="text/javascript">//<![CDATA[ и //]]></script> (амперсанды обычно зарезервированы для объектов XML, а остальные - для теги).
Если вы обслуживаете свою веб-страницу, используя тип XHTML MIME application/xhtml+xml вместо стандартного типа MIME HTML text/html, могут возникнуть проблемы. Обслуживание страниц с последним MIME-типом только снижает совместимость между браузерами и мешает работе многих скриптов. Хотя в долгосрочной перспективе я бы сосредоточился на соблюдении HTML5, а не на XHTML & ndash; Так пойдет дальнейшее развитие веб-стандартов.