Zend_Tool предназначен для создания и управления вашим проектом на компьютере разработчика. В любом случае у вас должен быть доступ к командной строке, будь то ваша собственная машина или внешняя.
Если ваша машина разработки серьезно доступна только через FTP, переключитесь на разработку на локальном компьютере и / или в случае автоматической синхронизации изменений на FTP. Существует множество инструментов для поддержки этого вида разработки, и он также в основном встроен во многие IDE.